Chúa Hiền Nguyễn Phúc Tần đã mai táng mẫu hậu tại Gò Cốc Hùng ở tổng Mông Lĩnh, cách Lăng mộ của Hoàng Hậu Mạc Thị Giai, hậu của Chúa Nguyễn Phúc Nguyên, chừng nửa cây số và cách không xa mộ của Công chúa Nguyễn Phúc Ngọc Dung.

Chúa Nguyễn Phúc Tần đã cho xây Lăng Vĩnh Diên (永延陵; nay thuộc xã Duy Trinh, huyện Duy Xuyên) đồng thời lập nhà thờ Đức Bà tại Đông Giáp, châu Đông Yên bên bờ Sài Thị Giang. Chúa cũng cấp năm mẫu đất tự đường tại làng Phú Trang (nay thuộc xã Quế Xuân, huyện Quế Sơn) lấy hoa lợi dùng vào việc chăm sóc, tu bổ cho Lăng mộ và Nhà thờ, phong cho ông Đoàn Công Quảng là Lễ Nghĩa Hầu Tiền Xung Bát Đội Chánh Đội trưởng, đảm đương việc này.

Trận lụt lớn của Sài Thị Giang xảy ra vào năm Canh Thìn 1680 thời Lê Hy Tông, tức năm Thái Tông Nguyễn Phúc Tần thứ 32, gây xoáy lở ngay giữa làng Đông Yên, cắt đôi làng Đông Yên thành hai phần là Đông Yên Tây và Đông Yên Đông và sau trận đại hồng thủy này nhà thờ Đức Bà đã bị hủy hoại.

Năm 1744, Nguyễn Thế Tông xưng Vương, truy thụy cho Thần Tông hoàng đế Nguyễn Phúc Lan, và bà cũng được truy thụy thành Trinh Thục Từ Tĩnh Huệ phi (貞淑慈靜惠妃).

Năm Gia Long thứ 5 (1806), Thế Tổ Cao hoàng đế đã truy tôn bà là Trinh Thục Từ Tĩnh Mẫu Duệ Huệ Kính Hiếu Chiêu hoàng hậu (貞淑慈靜敏睿惠敬孝昭皇后), phối thờ cùng Thần Tông hoàng đế Nguyễn Phúc Lan ở Thái Miếu tại Phú Xuân, án thứ 1 bên phải.

Bài sách văn dâng tôn thụy như sau:

Lễ nhà tôn miếu, kính người mình tôn, yêu người mình thân, là để báo công mà tôn đức vậy.Kính nghĩ, Trinh Thục Từ Tĩnh Đoàn Huệ phi điện hạ: Sáng thơm tú my, phép tốt trinh thuần. Khôn nguyên hợp đức, phong hóa gây từ đình vi, cảm động kết thai, Phước trạch truyền cho xã tắc. Để Phước yên tốt nối đời vô cùng. Nay, trên nhờ Phước thiêng, lại dựng nghiệp cả. Kính dâng huy chương, để tôn nền tốt. Cẩn tiến sách vàng dâng tôn hiệu là: "Trinh Thục Từ Tĩnh Mẫn Duệ Huệ Kính Hiếu Chiêu Hoàng Hậu", thờ chung vào gian hữu nhất nhà Thái Miếu.